JAXAの前身である航空宇宙技術研究所（NAL）は、最初の計算機として米国製DATATRON205を1960年に導入しました。その後、国産機である日立社製のHITAC5020の導入を経て、1977年に富士通との共同開発によるFACOM230-75APUが日本初のスーパーコンピュータとなりました。1987年にはNALの特別注文によってFACOM VP400が開発され、機体周りの全機モデル粘性流計算が10時間以内で行えるようになりました。

次に目標は、風洞で行う実験を数値シミュレーション技術で行う計算機「数値風洞（Numerical Wind Tunnel）」の開発でした。数値風洞の研究開発は1989年に始まり、1993年に導入。性能は期待された目標を達成し、宇宙航空関連の流体力学の基礎研究分野で大いに活用されました。数値風洞は1994年から3年連続でゴードンベル賞を受賞し、世界一の性能が認められました。

2002年には富士通製のPRIMEPOWERで構成されたシステム（CeNSS）にリプレースされ、新世代数値シミュレーション技術の研究開発に実績を残しています。

その後、2003年にJAXAが発足。さらなる研究効率の強化を図るため、2007年に調布、角田、相模原の各事業所に設置されていた３つのスーパーコンピュータを１つに統合したJAXAスーパーコンピュータシステム（JSS1）を調布事業所に設置し、運用を開始しました。2009年4月からフル稼働となり、システムの中核となるMシステムの理論演算性能は120TFLOPS、総メモリ量は94TBでした。

2014年からJSS1をより使いやすいシステムとして再構築したスーパーコンピュータシステムJSS２「宙：SORA」が段階的に導入され、2016年４月からはフル稼働の運用が開始されました。メイン計算機としてのSORA-MAの理論演算性能は3.49PFLOPS、総メモリ量は100TiBでした。

2020年中旬より、新スーパーコンピュータシステムとしてJSS3の導入が開始され、同年12月より稼働、運用されています。新システムはTOKIという愛称で呼ばれ、メイン計算機として構成されているHPCシステムTOKI-SORAは理論演算性能が19.4PFLOPS、総メモリ量は180TiBです。研究者がより効率良く計算資源を利用できるように汎用システムとしてTOKI-RURIが用意されています。

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